Kontrola fiskusa w startupie: jak się przygotować i czego się spodziewać?

Co mówi nam raport „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa 2025”?

Raport pokazuje, że w latach 2019–2024 przeprowadzono w Polsce ponad 117,5 tys. kontroli podatkowych, z czego ponad 38% to kontrole celno-skarbowe. Oznacza to wzrost z 12% w 2019 r. Średnio każdego dnia otwieranych było 77 nowych postępowań. Najczęściej sprawdzanym podatkiem jest VAT, który odpowiada za ponad 80% wszystkich wykrytych uszczupleń.

Dane, które mogą niepokoić:

• 94–98% kontroli kończy się wykryciem nieprawidłowości,
• kontrole celno-skarbowe trwają średnio 332 dni, a podatkowe 113 dni,
• tylko 1 na 10 firm była wcześniej informowana o kontroli.

Raport MDDP i Lewiatana jasno pokazuje, że relacje między firmami a administracją podatkową wymagają poprawy. Przedsiębiorcy oczekują przewidywalności, rzetelnego traktowania i większej transparentności. Fiskus z kolei szuka skuteczności. Gdzieś pośrodku jest miejsce na dialog i przygotowanie.

Nikt nie zna dnia ani godziny – dosłownie

Kontrola może pojawić się praktycznie w każdej chwili, ale są sytuacje, które zwiększają jej prawdopodobieństwo:

• nagłe wzrosty kosztów lub strat,
• duże zwroty VAT – to czerwony alarm dla KAS,
• dane z JPK wskazujące na anomalie,
• zgłoszenia od kontrahentów, pracowników lub innych urzędów,
• udział w branżach szczególnego ryzyka (np. e-commerce, transport, budownictwo),
• powiązania z firmami, które już były kontrolowane.

Czytaj także: Poza etatem. Soloprzedsiębiorca jako twórca własnej rzeczywistości

Pamiętaj: organy mogą prowadzić również czynności sprawdzające, które są mniej formalne, ale także mogą prowadzić do głębszej kontroli.

Jesteś w grupie szczególnego ryzyka?

Z raportu i praktyki wynika, że fiskus najchętniej kontroluje:

• małe i średnie firmy z dużą dynamiką zmian finansowych,
• startupy technologiczne korzystające z ulg (np. IP Box, ulga B+R),
• firmy występujące o znaczne zwroty VAT,
• podmioty dokonujące transakcji zagranicznych,
• przedsiębiorstwa z branż wysokiego ryzyka.

Niestety, typowanie często odbywa się w sposób automatyczny, na podstawie algorytmów analizy danych z JPK, CRBR czy KSeF.

Kontrola, czyli… co?

Kontrola może przyjąć różne formy:

• czynności sprawdzające – sprawdzenie poprawności deklaracji i rozliczeń, często bez wizyty w firmie,
• kontrola podatkowa – formalne działania kontrolerów, obowiązek udostępnienia dokumentów, możliwość sporządzenia protokołu,
• kontrola celno-skarbowa – najbardziej dotkliwa forma, bez zapowiedzi, z możliwością zabezpieczenia majątku.

Po kontroli możesz spodziewać się:

• protokołu z ustaleniami,
• decyzji określającej zaległość,
• wezwania do zapłaty lub korekty deklaracji,
• w skrajnych przypadkach – blokady konta, decyzji zabezpieczającej lub zawiadomienia do prokuratury.

Jak się przygotować do kontroli? 5 praktycznych kroków

1. Sprawdź kompletność dokumentacji – upewnij się, że wszystkie faktury, umowy, raporty JPK i ewidencje VAT są w porządku i zgodne z deklaracjami.
2. Przeanalizuj ryzyko VAT – VAT to najczęściej kontrolowany podatek – sprawdź, czy Twoje rozliczenia są rzetelne. Szczególną uwagę zwróć na transakcje wewnątrzwspólnotowe i eksportowe.
3. Przygotuj się na pytania dotyczące ulgi IP Box lub B+R – organy coraz częściej badają zasadność korzystania z ulg – miej gotowe dowody prowadzenia prac badawczo-rozwojowych, dokumentację IP itp.
4. Przemyśl kontakty z kontrahentami – fiskus może kwestionować rozliczenia z podmiotami „wątpliwymi” – analizuj ryzyko współpracy, zbieraj potwierdzenia wykonania usług.
5. Zadbaj o reprezentację – w razie kontroli – nie działaj samodzielnie. Warto mieć przy sobie doradcę podatkowego, który pomoże w kontaktach z urzędnikami i zabezpieczy Twoje prawa.

Czytaj także:

• IFIRMA rozkręca startupy! Nowy e-book już dostępny!
• Najczęściej popełniane błędy przy zawieraniu umowy leasingowej – jak ich unikać?