Analiza bioinformatyczna (in-silico) oraz tzw. “analiza laboratorium mokrego” dla zestawu diagnostycznego Genomtec SARS-CoV-2 EvaGreen RT-LAMP CE-IVD Duo Kit (RT-LAMP Duo Kit) w pełni potwierdziła efektywność zestawu RT-LAMP Duo w rozpoznawaniu dotychczas zidentyfikowanych wariantów SARS-CoV-2, w tym bretońskiego, który posiada zdolność braku identyfikacji w analizie testem RT-PCR z próbek z wymazów.
Rozpoznanie wariantu bretońskiego przez zestaw RT-LAMP Duo Kit jest ważne w zadbaniu o zdrowie publiczne, gdzie efektywne testowanie posiadające zdolność wykrycia wszystkich szczepów wirusa SARS-CoV-2 jest bezwzględnie ważne dla podtrzymania wysiłków w walce z pandemią. Ponadto test wykrywa nowo zidentyfikowane warianty określane jako nigeryjski, filipiński, kalifornijski i indyjski.
Dopasowanie sekwencji przeprowadzono z wykorzystaniem oprogramowania Clustal Omega (EMBL-EBI), który wykorzystuje technikę drzew filogenetycznych przy zastosowaniu progresywnego algorytmu dla modelu HiddenMarkov (HMM), w celach generowania dopasowań między trzema lub więcej sekwencjami genomowymi. Dalszą wizualizację dopasowania wykonano przy użyciu oprogramowania MView (EMBL-EBI).
Do dalszej analizy laboratoryjnej wykorzystano charakterystyczne sekwencje dla fragmentów genomu różniące się od sekwencji odniesienia, uwzględniając tym samym podobieństwa w mutacjach w genach S i N występujące w nowych wariantach wirusa. W tym celu zsyntetyzowano specyficzne fragmenty genów S i N w formie cDNA, a następnie rozcieńczono je do 1000 kopii / µl, po czym wykorzystano jako matrycę podczas przygotowywania reakcji z zestawem Genomtec SARS-CoV-2 EvaGreen RT-LAMP CE-IVD Duo zgodnie z instrukcjami producenta.
Poczynione kroki potwierdzają, że zestaw Genomtec SARS-CoV-2 EvaGreen RT-LAMP CE-IVD Duo wykrywa wszystkie wyżej wymienione warianty SARS-CoV-2.
Genomtec SA, jest spółką zajmująca się technologią medyczną, a specjalizującą się w izotermicznej metodzie diagnostyki klinicznej, zarówno w opiece bliskiej pacjentowi (POCT), jak i w szybkich testach genetycznych.
Genomtec ciągle monitoruje, w jaki sposób nowo zidentyfikowane warianty SARS-CoV-2 mogą wpływać na wydajność testu, wykorzystując zarówno analizę bioinformatyczną, jak i laboratoryjną, tak aby zapewnić klientom najwyższą czułość zestawu diagnostycznego Genomtec SARS-CoV-2 EvaGreen RT- LAMP CE-IVD Duo Kit wśród szczepów SARS-CoV-2.
